Το ίδιο το αυτοκίνητο, ενώ έμοιαζε με MP4/5B, ήταν αρκετά διαφορετικό ως προς το αεροδυναμικό του προφίλ, καθώς ο σχεδιαστής Neil Oatley και η ομάδα του είχαν λάβει κάποια πολύτιμη συμβολή από τον Henri Durand που είχε ενταχθεί από τη Ferrari στα μέσα του 1990.
Χρειάστηκε επίσης να γίνουν πολυάριθμες αλλαγές στο σασί, κυρίως για να χωρέσει ο μακρύτερος κινητήρας και η διευρυμένη δεξαμενή καυσίμου που χρειαζόταν για να ικανοποιήσει τη μεγαλύτερη κατανάλωση του κινητήρα. Υπήρξαν αλλαγές και στην ανάρτηση, μια πτυχή του αυτοκινήτου που είχε αλλάξει δραματικά από το προηγούμενο έτος, με σπειροειδή ελατήρια/αποσβεστήρες που ενεργοποιούνταν με ωστήρια, τοποθετημένα στην κορυφή του πλαισίου μπροστά από το πιλοτήριο αντί να τοποθετούνται κάθετα. (το άρθρο συνεχίζεται μετά τις φωτογραφίες)
Η αυξημένη κατανάλωση καυσίμου έθεσε από μόνη της προκλήσεις… Ο Senna έμεινε από καύσιμο δύο φορές (στο Silverstone και στο Hockenheim), αλλά ο Βραζιλιάνος και το MP4/6 του παρέμειναν αήττητοι μέχρι και το Monaco. Δίνοντας στη McLaren ένα άνετο προβάδισμα στο Κύπελλο Κατασκευαστών.
Τα ζητήματα κατανάλωσης καυσίμου που έγιναν τόσο οδυνηρά αισθητά κατά το Βρετανικό και το Γερμανικό Γκραν Πρι, σχετίζονταν σε μεγάλο βαθμό με τον πειραματισμό της Shell με διαφορετικές πυκνότητες και ιξώδες καυσίμου.
Στη Βουδαπέστη, η McLaren πήρε και πάλι κεφάλι. Με ένα πιο άκαμπτο από ποτέ σασί και έναν επανασχεδιασμένο κινητήρα με ελαφρύτερες κυλινδροκεφαλές, εκκεντροφόρους άξονες και μπιέλες, ο Senna κυριάρχησε.
Παρά το γεγονός ότι υπέστη βλάβη στο κιβώτιο ταχυτήτων, τα κατάφερε ξανά στο Spa για το Grand Prix του Βελγίου. Στη Βραζιλία σφράγισε τον τρίτο τίτλο και McLaren πήρε ξανά το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Κατασκευαστών.
Έτσι η MP4/6 έγινε εκτός των άλλων το τελευταίο μονοθέσιο που κατέκτησε πρωτάθλημα F1 με χειροκίνητο κιβώτιο και το τελευταίο με V12 κινητήρα.